Між людьми та Альянсом, до якого ввійшли більшість рас, розпочалася глобальна війна. Людей змушують відступати — для перемоги потрібні нові технології. Загін «флібустерів» вирушає на зустріч із мисливцем за артефактами в Аномальні Зони, але через зраду союзників люди потрапляють в інший світ (Вітку Фенікса), що його населяють нащадки корабля «Фенікс», який зник під час Виходу. Замість того щоб допомогти їм повернутися додому, їх хочуть ліквідувати як можливу загрозу.
У результаті боротьби за виживання ті, хто лишився живими «флібустери», ставши справжніми піратами, все ж повертаються додому на захопленому бойовому кораблі, що ввібрав у себе артефакти давнього народу й найновіші технологічні розробки людей із Вітки Фенікса.