Перші твори Євгенія Войскунського були присвячені війні — рокам його фронтової молодості, що припали на Велику Вітчизняну. Це природно: хто краще за нього — капітана 3-го рангу, кавалера двох орденів Червоної Зірки, учасника оборони Ганко і Ленінграда — міг розповісти про людей військових буднів, які наближали Перемогу. Але широкої відомості авторові приніс роман «Екіпаж „Меконга“», створений разом із двоюрідним братом Ісаєм Луководьяновим і доповнений підзаголовком: «Книга про найновіші фантастичні відкриття та старовинні події, про таємниці Речовини і про багатьма пригоди на суші та на морі». Виданий на початку 1960-х, цей твір став помітною подією у вітчизняній фантастиці й, нарівні з роботами Івана Єфремова, братів Стругацьких, Кіра Буличова та інших визнаних майстрів жанру, завоював велику читацьку популярність.
Згодом з’явилися нові книги у популярному напрямі. Та часи змінюються: не стало співавтора, розламувалася сама епоха, а сувора реальність сучасності відсунула фантастику на другий план. У наступних романах Войскунський уже не пише про «таємниці Речовини» і ризиковані мандри — він знову звертається до давнішої, військової теми, до «пригод» (якщо їх можна так назвати) справжніх, прожитих ним самим і таких, що визначили його долю.
«Кронштадт», «Світ тісний», «Рум’янцівський сквер» та інші книги Войскунського розповідають про стійкість і відвагу балтійських моряків, про подвиг ленінградців, які витримали блокаду; у них особливо виразно звучать ключові для автора поняття — обов’язок, батьківщина, особиста відповідальність перед справжнім і майбутнім. Однак найвищою точкою його військової (а ширше — життєвої) прози став епічний роман «Балтійська сага» — остання книга в творчій біографії письменника: широка панорама й спроба осмислити найновішу російську історію через долі кількох поколінь ленінградців, які пов’язали своє життя з флотом.