Друга частина присвячена драматичним подіям другої половини XV — початку XVII століть: правлінню Івана Грозного та опричнині, релігійним суперечкам і боротьбі з єресями, заснуванню патріаршества в Москві та церковно-історичному життю Західної Русі; одні з найяскравіших сторінок розповідають про християнських подвижників початку XVII століття та про роль Церкви в справі спасіння Батьківщини в дні страшних випробувань Смутного часу. Із кожної історичної події автор насамперед витягує моральні уроки: щоб виховати молоде покоління людьми високої духовної культури, які люблять свою Вітчизну, треба дати їм можливість доторкнутися до славних сторінок рідної історії — такої багатої на гідні приклади справжнього служіння Богові та Вітчизні.
Зміст:
I. Софія Палеолог. Припинення татарського ярма. Справи з Литвою
II. Спір про монастирські маєтності. Преподобний Ніл Сорський, Йосиф Волоколамський, Васіан Косий
III. Максим Грек
IV. Святі подвижники й благовісники
V. Початок царювання Івана Грозного
VI. Собори в Москві
VII. Релігійні суперечки
VIII. Падіння Сильвестра. Кари. Опричнина. Святий Филип Митрополит
IX. Бідства й страждання Росії в останні роки царювання Івана. Переговори з Поссевіно
X. Заснування патріаршества в Москві
XI. Патріарх Йов за Годунова
XII. Самозванець і його стосунки з Римом
XIII. Смутні часи й патріарх Гермоген
XIV. Святі подвижники початку XVII століття