Підводна бібліотека, схована глибоко під токійським вокзалом, зберігає рідкісні книги з усіх куточків землі. Саме сюди з усього світу з’їжджаються арт-дилери в пошуках найдорожчих примірників, а молода бібліотекарка Міморі, продовжуючи сімейну справу, дбайливо захищає бібліотечну збірку. Коли стається немислиме — хтось нападає на голову бібліотеки, — Міморі береться розкрити цей злочин, щоб урятувати книги будь-якою ціною.