Головний герой роману, Петро Пустота, — комісар, декадентський поет і пацієнт психіатричної лікарні — живе в двох різних світах, у двох різних епохах. Його свідомість і переживання розриваються між 1919 роком, Москвою дев’яностих і віртуальним простором. Він не може до кінця збагнути, що насправді є реальністю, а що — лише плід його уяви, що розігралася.
Як завжди, Віктор Пелєвін тримає читача в постійній невизначеності й «приправляє» всю і без того заплутану історію дошкульною сатирою та східною містикою.
Роман «Чапаєв і Пустота» сам автор характеризує так: «Це перший твір у світовій літературі, дія якого відбувається в абсолютній пустоті».
Насправді ж він відбувається в 1919 році в дивізії Чапаєва, у якій головний герой — декадентський поет Петро Пустота — служить комісаром, а також у наші дні, і, як завжди у Пелєвіна, у віртуальному просторі, де з головним героєм зустрічаються Кавабата, Шварценеггер, «Просто Марія»…
На думку критиків, «Чапаєв і Пустота» є «першим серйозним дзен-буддійським романом у російській літературі».